Lyngbygårds nuværende hovedbygning i bindingsværk opføres af to omgange i 1700-årne.
Første etape er østfløjen, den nuværende køkkenfløj bygget i årene 1745-55 på en sokkel af kampesten af gårdens daværende ejer Johan Anhalt.
Efter en pause på 10 år genoptager enken Anne Elizabeth Lassen byggeriet i årene 1765-75 med opførelsen af den egentlig hovedfløj. Den er delvist bygget på en eksisterende hvælvet kælder fra omkring 1570 der hører til gårdens første hovedbygning.
Den nye hovedfløj er både bredere og højere end køkkenfløjen.
Fredet bygning
I 1876 tilføjes det nuværende tårn i bindingsværk i to stokværk med spir på bygningens haveside.
Hovedbygningen er fredet og gennemgik en større udvendig restaurering i 2005.